路德釘上《九十五條》，觸及當時許多既得利益者，引發了嚴重的後果。面對路德對贖罪券的反對，帖次勒認為這個青年人是個異端，理應在三個星期內把他燒死。因戈爾施塔特（Ingolstadt）大學的神學教授約翰．埃克（Johann Eckzxab 1486~1543）也認為，路德是一個異端，並且是胡司主義者（這在當時是相當嚴重的指控），應以對付異端的方式處置。教廷沒有這麼嚴厲，但起初對路德的反應，都是想壓制他對贖罪券的攻擊，禁止其言論和影響。教宗利奧對奧古斯丁修會領導人的指引是：「平息你們修會的一個修士，他的名字是馬丁．路德。」他也這樣比諭：「路德是一個醉酒的德意志人。當他酒醒了就會感到不同。」

　　可是，世事不是盡如人意。這時候正值神聖羅馬帝國、西班牙、法國教廷的微妙關係時期，眾人都想拉攏德意志諸侯的支持。由於某些諸侯同情路德，而德意志地區的人也不滿把愈來愈多金錢送往羅馬，故此教廷必須慎重處理。

　　教宗通過支持他的教士告訴路德，他是錯誤的，但路德若願意撤回言論，就會蒙赦免。可是，路德愈來愈堅定不移，對教會有更多批評。雙方陣營都撰寫了一些傳單和小冊子，攻擊對方。1518年3月，路德撰寫的《論贖罪券與恩典的講道》（Eynn Sermon von dem Ablasz und Gnade），4月出版，進一步批評贖罪券。這部小書在短短數月內印行了超過二萬冊，成為當時最暢銷的書籍。

　　教宗首先希望奧古斯丁修會能夠內部處理，他授意奧古斯丁修會罷免路德作為修會監督的職位。1518年4月，奧古斯丁修會的德意志教區在海德堡舉行例會。由於阿爾布雷希特已經通知羅馬教廷有關路德的情況，而且羅馬的道明會也宣佈要聲討路德，故此路德前往海德堡，存在一定風險。然而，奧古斯丁修會的德意志教區長較為持平，堅持給予路德公平的申辯機會，讓路德向奧古斯丁修會的修士分享他的信念，儘管他們必須執行教廷對路德的撤職指示。

　　在海德堡的奧古斯丁修會會議上，路德對他的立場更是確定。路德以成熟的神學觀點，環繞在一個課題上：「十架神學」（theologia gloriae）。路德認為這是理解福音的進路，著重經受考驗的過程中的軟弱、痛苦和死亡，藉著基督的信心，與祂同負十字架。

　　當時，聽眾除了修會修士之外，還包括大學的成員。不少老一派的教授批評路德的概念，而大學的學生和年青教授卻擁護路德，其中一個是墨蘭頓（Philip Melanchthon，1497~1560），許多擁護者後來成為在德意志南部宣揚路德神學的支持者。由於他們的影響，教會改革得以在相當早期就影響這地區。